בשנת 1873 (תרל"ג) הוקם במרכז הכפר פקיעין בית כנסת ובחודש ניסן באותה שנה נחנך. את המימון להקמת בית הכנסת נתן יהודי מביירות בשם רפאל הלוי. כתובת המנציחה את תרומתו מצויה במשקוף בית הכנסת. המסורת המקומית מספרת שבית הכנסת הוקם במקום בית מדרשו של רבי יהושע בן חנניה. בשנים 1926 ו- 1930 התגלו בבית הכנסת שני לוחות אבן עתיקים אשר הוצבו בבית הכנסת בשימוש משני בעת הקמתו. התברר כי אלו לוחות אבן מימי בית שני אשר היו ככל הנראה חלק מבית כנסת קדום.על שני לוחות האבן ישנם תבליטים. באחד תבליט של מנורה, למרגלותיה של המנורה שופר ומחתה מצדה האחד ולולב מצדה השני. על לוח האבן השני ישנו תבלטי של שער מפואר, לצד השער שני עמודים ומעליהם מעין קונכייה. מקובל להניח שהתבליט מתאר ארון קודש. שני לוחות האבן מוצגים בבית הכנסת העתיק של פקיעין.
חזית בית הכנסת מופיעה על צדו האחורי של שטר 100 ש"ח, מכיוון שיצחק בן צבי חקר בין היתר בספרו שאר ישוב את היישוב היהודי.
בית הכנסת היהודי הקדום והמחודש